W okresie międzywojennym był kościołem garnizonowym 67 Pułku Piechoty. 2 listopada 1947 r. ponownie przejęli go oo. franciszkanie.
4 października 1978 r. Bp Bernard Czapliński, ordynariusz diecezji chełmińskiej /1973-1980/ wydał dekret erygujący nową parafię w Brodnicy, przy kościele franciszkanów.
Pierwszym proboszczem Parafii Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi Panny został wieloletni gwardian brodnickiego klasztoru, o. Mieczysław Kierzkowski, w wieku 59 lat, zaś jego wikariuszem o. Lucjusz Matusiak, liczący wówczas 36 lat życia.