Powstanie parafii

Kościół pod wezwaniem św. Franciszka został poświęcony 1 sierpnia 1762 r. Opiekowali się nim oo. franciszkanie. W 1831 r. po likwidacji zakonu został sprofanowany przez jednego z pruskich żołnierzy. Ponowna rekoncyliacja miała miejsce 3 sierpnia 1831 r.; nadano wtedy świątyni wezwanie Niepokalanego Poczęcia NMP. Odtąd pełnił rolę kaplicy przedpogrzebowej, potem więziennej.
W okresie międzywojennym był kościołem garnizonowym 67 Pułku Piechoty. 2 listopada 1947 r. ponownie przejęli go oo. franciszkanie.
4 października 1978 r. Bp Bernard Czapliński, ordynariusz diecezji chełmińskiej /1973-1980/ wydał dekret erygujący nową parafię w Brodnicy, przy kościele franciszkanów.
Pierwszym proboszczem Parafii Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi Panny został wieloletni gwardian brodnickiego klasztoru, o. Mieczysław Kierzkowski, w wieku 59 lat, zaś jego wikariuszem o. Lucjusz Matusiak, liczący wówczas 36 lat życia.